Bioinformática
La Bioinformática es una herramienta imprescindible para analizar los datos que la Biología moderna está generando. Genomas que ocupan GB de información, muestreos poblacionales, retos biotecnológicos que requieren de soluciones algorítmicas... el número de problemas que requieren del uso de la Ciencia de la Computación crece cada día.
En este curso nos aproximaremos a la bioinformática desde el punto de vista del desarrollador de aplicaciones, describiendo e implementando soluciones en python a distintos problemas típicos en bioinformática. Para ello, haremos un uso extensivo del libro Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach (Compeau & Pevzner), del que existen copias en la Biblioteca Abraham Zacut.
Este material que ofrecemos en bajo una licencia CC-BY-SA es parte del material de la asignatura optativa Informática Biomédica del Máster Universitario en Ingeniería Informática de la USAL.
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Semana Fecha Sesión
1 29 sep Exposición * e Introducción ** (Orígenes de replicación)
2 6 oct Búsqueda de patrones (Cajas de DNA)
3 13 oct Búsqueda de motivos (Relojes moleculares)
4 20 oct Grafos de De Bruijn (Ensamblado de secuencias)
6 27 oct Transformada de Burrows-Wheeler (Genomas)
5 3 nov Clustering (Expresión genética)
7 10 nov Visitas al CIC y al IBFG
* Metodología de evaluación
Visualización del alineamiento del genoma humano con otros mamíferos, por Ben Fry